|
|
ホーム クイックガイド 検索ナビ BLAST サイトマップ データダウンロード 問い合わせ ヘルプ |
ReadMe | 過去のリリース |
H-InvDB_9.0 released on May 27, 2015. | |
H-Invitational IDリスト |
acc2hinv_id.txt | 2.7M | Text File |
ファイル形式 1: DNA databank accession numbers, 2: HIT : H-Invitational transcript, 3: HIX : H-Invitational clusters, 4: cDNA data provider |
新規追加・抹消された H-Invitational IDリスト |
new_del_update_hinvid.txt | 720K | Text File |
アノテーションデータセット |
H-InvDB-HIX_9.0 2015. 6 | ||
全HIXデータセット(フラットファイル形式) | 43M | Flat File |
全HIXデータセット(XML形式) | 56M | XML File |
NOTES: 全H-InvDB遺伝子座のアノテーションデータをフラットファイルおよびXML形式で提供しています。 | ||
H-InvDB-HIT_9.0 2015. 6 | ||
全HITデータセット(フラットファイル形式) | 614M | Flat File |
全HITデータセット1(XML形式) | 197M | XML File |
全HITデータセット2(XML形式) | 189M | XML File |
全HITデータセット3(XML形式) | 180M | XML File |
全HITデータセット4(XML形式) | 105M | XML File |
全HITデータセット5(XML形式) | 59M | XML File |
NOTES: 全H-InvDBトランスクリプト(HIT)のアノテーションデータをフラットファイルおよびXML形式で提供しています。 | ||
H-InvDB-HIP_9.0 2015. 6 | ||
全HIPデータセット(フラットファイル形式) | 413M | Flat File |
全HIPデータセット1(XML形式) | 165M | XML File |
全HIPデータセット2(XML形式) | 158M | XML File |
全HIPデータセット3(XML形式) | 116M | XML File |
全HIPデータセット4 (XML形式) | XML File | |
NOTES: 全H-InvDBタンパク質(HIP)のアノテーションデータをフラットファイルおよびXML形式で提供しています。 |
アノテーションセクションデータ |
H-InvDB-HIX-Annotation_9.0 2015. 6 | ||
全HIXデータセット(フラットファイル形式) | 35M | Flat File |
NOTES: 全H-InvDB遺伝子座のHIX-Annotationセクションのアノテーションデータをフラットファイル形式で提供しています。 | ||
H-InvDB-HIT-Annotation_9.0 2015. 6 | ||
全HITデータセット(フラットファイル形式) | 436M | Flat File |
NOTES: 全H-InvDBトランスクリプト(HIT)のHIT-Annotationセクションのアノテーションデータをフラットファイル形式で提供しています。 | ||
H-InvDB-Expression_8.1 | ||
全HIXデータセット(フラットファイル形式) | 7.9M | Flat File |
NOTES: 全H-InvDB遺伝子座の遺伝子発現セクションのアノテーションデータをフラットファイル形式で提供しています。 | ||
H-InvDB-DiseaseInfo_8.0 | ||
全HIXデータセット(フラットファイル形式) | 7.5M | Flat File |
NOTES: 全H-InvDB遺伝子座の疾患情報セクションのアノテーションデータをフラットファイル形式で提供しています。 | ||
H-InvDB-Evolution_7.1 | ||
全HITデータセット(フラットファイル形式) | 24M | Flat File |
NOTES: 全H-InvDBトランスクリプト(HIT)の分子進化セクションのアノテーションデータをフラットファイル形式で提供しています。 | ||
H-InvDB-3Dstructure_8.0 | ||
全HITデータセット(フラットファイル形式) | 29M | Flat File |
NOTES: 全H-InvDBトランスクリプト(HIT)のGTOP (http://sybock.genes.nig.ac.jp/~hinv3/gtop.html)に立体構造セクションのアノテーションデータをフラットファイル形式で提供しています。 | ||
H-InvDB-Subcellular_9.0 2015. 6 | ||
全HITデータセット(フラットファイル形式) | 18M | Flat File |
NOTES: 全H-InvDBトランスクリプト(HIT)のWoLF PSORT, TargetP, TMHMM and SOSUIによって予測された細胞内局在セクションのアノテーションデータをフラットファイル形式で提供しています。 |
配列データセット |
塩基配列データセット 2015. 6 | ||
H-InvDB全転写産物(HIT)の塩基配列 | 124M | Flat File |
H-InvDB代表配列(HIT)の塩基配列 | 31M | Flat File |
H-InvDB代表スプライシングバリアント(RASV)(HIT)の塩基配列 | 46M | Flat File |
H-Inv2完全長cDNA(HIT)の塩基配列 | 47M | Flat File |
H-InvDB全遺伝子座(HIX)のゲノム塩基配列 | 644M | Flat File |
NOTES: 1) H-InvDB全転写産物(HIT)の塩基配列データセット(FASTA形式) 2) H-InvDB代表配列(HIT)の塩基配列データセット(FASTA形式) 3) H-InvDB代表スプライシングバリアント(RASV)の塩基配列データセット(FASTA形式) 4) H-Inv2完全長cDNAの塩基配列データセット(FASTA形式) 5) H-InvDB全遺伝子座(HIX)ゲノム配列の塩基配列データセット(FASTA形式) ファイル形式 Headline> HIT version | HIX version | HIP version | DNA databank accession number | "FS": frame shift error if revised or "NO" for no revision | "IM": remaining intronic sequence if revised or "NO" for no revision | "HC": function if human curated or "AA" for auto-annotated| Frame (+3 to -3) | Position of CDS (start..end) | Definition Body: cDNA sequences |
||
アミノ酸配列データセット 2015. 6 | ||
H-InvDB全転写産物(HIT)のアミノ酸配列 | 47M | Flat File |
H-InvDB代表配列(HIT)のアミノ酸配列 | 9.7M | Flat File |
H-InvDB代表スプライシングバリアント(RASV)(HIT)のアミノ酸配列 | 18M | Flat File |
H-Inv2完全長cDNAデータセット(HIT)のアミノ酸配列 | 14M | Flat File |
H-InvDB全タンパク質(HIP)のアミノ酸配列 | 37M | Flat File |
NOTES: 1) H-InvDB全転写産物(HIT)のアミノ酸配列データセット(FASTA形式) 2) H-InvDB代表配列(HIT)のアミノ酸配列データセット(FASTA形式) 3) H-InvDB代表スプライシングバリアント(HIT)のアミノ酸配列データセット(FASTA形式) 4) H-Inv2完全長cDNAデータセット(HIT)のアミノ酸配列データセット(FASTA形式) 5) H-InvDB全タンパク質(HIP)のアミノ酸配列データセット(FASTA形式) ファイル形式 Headline> HIT version | HIX version | HIP version | DNA databank accession number | "FS": frame shift error if revised or "NO" for no revision | "IM": remaining intronic sequence if revised or "NO" for no revision | "HC": function if human curated or "AA" for auto-annotated| Frame (+3 to -3) | Position of CDS (start..end) | Definition Body: translation |
配列解析データセット New! (revised) |
マルチプルアラインメントデータセット 2015. 5 | ||
マルチプルアラインメント | 347M | Flat File |
NOTES: "FMULTI" :全H-Invトランスクリプト(HIT)塩基配列とゲノム配列の同一クラスター(HIX)内マルチプルアラインメント | ||
マッピング位置情報データセット 2015. 6 | ||
全エキソンゲノム位置データセット | 124M | Flat File |
NOTES: "FMULTIP"; FMULTIP.tar.gz (mALNp/.tbl) 全H-Invトランスクリプト(HIT)のエキソンのヒトゲノム上の位置データ ファイル形式: 01:HIT (or acc), 02:HIX (or temporally cluster-id), 03:key (=acc_chr_sno), 04:seq1 ("genome"), 05:seq2 (cDNA_acc), 06:strand, 07:exon_no, 08:type[N:not aligned part of seq1(genome); U:unmapped part of seq2(cDNA); A:alignment, D:deletion, I:insertion; G:gap due to other member)], 09:start_seq1 (genome), 10:end_seq1 (genome), 11:start_seq2 (cDNA), 12:end_seq2 (cDNA) (or gap_length if 08:type='G') |
||
H-InvDB代表配列(HIT)のエキソンおよびCDS/UTRゲノム位置データセット(GFF3形式) | 7.6M | GFF3 File |
H-InvDB全転写産物(HIT)のエキソンおよびCDS/UTRゲノム位置データセット(GFF3形式) | 25M | GFF3 File |
NOTES: "h-inv_pub_rep.gff3.gz","h-inv_pub.gff3.gz"; エキソンとCDS/UTRのヒトゲノム上の位置データ(GFF3 format) Format:01: "seqid (HIT)", 02: "source", 03: "type", 04: "start", 05: "end", 06: "score", 07: "strand", 08: "phase", 09: "attributes" Attributes (exon):ID=HIX, Name=HIT, Note=HUGO gene symbol Attributes (CDS):ID=HIT, Parent=HIX, Name=HIT, Alias=definition, Note=HUGO gene symbol, accession Attributes (UTR):Parent=HIT, Name=HIT GFF3 format:http://www.sequenceontology.org/gff3.shtml |
||
H-ANGELマトリックスデータセット | ||
H-ANGEL遺伝子発現マトリックスデータ | 25M | Flat File |
"H-ANGEL_matrix.txt.gz": H-ANGEL遺伝子発現マトリックスデータ ファイル形式: 1: Type of platform, 2: experimental ID added by each provider, 3: primer/probe ID. e.g. GeneChip Identifier, 4: 10 categories collapsed by the avarage of 40 categories, 5: 10 categories collapsed by the maximum value of 40 categories, 6: 40 categories, 7: Acc corresponding to the primer/probe, 8: start site of the primer/probe on the genome, 9: end site of the primer/probe on the genome, 10: Absolute value of the expression data for EST and SAGE only, NaN otherwise, 11: HIX, 12: UniGene ID, 13: start site of HIX on the genome, 14: end site of HIX on the genome, 15: strand of the locus, 16: Acc(s) included within HIX. |
||
分子進化アノテーションデータ(Evola) | ||
オルソログリスト | Flat File | |
"Evola.txt.gz": Evolaのヒト-他生物オルソログペアのアクセッション番号リスト |
||
Inter-species multi-FASTA (Transcript) | ||
オルソログ配列(塩基配列) | Flat File | |
NOTES: "NFAS.tar.gz":ヒトと他生物のオルソログの転写産物の塩基配列を、ヒト配列ごとにマルチファスタファイルとしてまとめたもの。 | ||
Inter-species multi-FASTA (Protein) | ||
オルソログ配列(アミノ酸配列) | Flat File | |
NOTES: "PFAS.tar.gz":ヒトと他生物のオルソログのタンパク質のアミノ酸配列を、ヒト配列ごとにマルチファスタファイルとしてまとめたもの。 | ||
Phylogenetic trees | ||
重複遺伝子ファミリー系統樹 | Flat File | |
NOTES: "NJ.tar.gz":Neighbor-joining (NJ)法による、重複遺伝子ファミリーアミノ酸配列の系統樹ファイル(phb) | ||
Human protein complex database with quality index (PCDq), data set New! 2015. 11 | ||
Protein complex list, their subunits (members), and related annotation. | 1.5M | TSV Files (tar.gz file) |
NOTES: "complexList.tsv" provides complex ID, name, etc.
"subunitMembers.tsv" provides subunits (members) of each complex and related annotations.
"public_ppi.tsv" provides PPI data used for complex prediction. File format is described in README file included in download package. |
||
H-Invアノテーションデータセットのうち、実験的エビデンスのあるサブセット  2015. 7 | ||
実験的エビデンスのあるH-Inv遺伝子座(HIX) のサブセット (フラットファイル形式) | 25M | Flat File |
実験的エビデンスのあるH-Inv遺伝子座(HIX) のサブセット (XML形式) | 33M | XML |
実験的エビデンスのあるH-Inv転写産物(HIT)のサブセット (フラットファイル形式) | 146M | Flat File |
実験的エビデンスのあるH-Inv転写産物(HIT)のサブセット (XML形式) | 178M | XML |
実験的エビデンスのあるH-Invタンパク質(HIP)のサブセット (フラットファイル形式) | 57M | Flat File |
実験的エビデンスのあるH-Invタンパク質(HIP)のサブセット (XML形式) | 61M | XML |
NOTES: H-InvDBの遺伝子座(HIX)・転写産物(HIT)・タンパク質(HIP)のうち、網羅的プロテオーム実験による裏付けのあるサブセット。C-HPPにおいて発現量が"protein level"または"transcript level"と分類されたもの。 | ||
ヒトゲノムにマップされなかった転写産物のデータセット  2015. 5 | ||
ヒトゲノムにマップされなかった転写産物クラスタのデータセット (フラットファイル形式) | 2.7M | Flat File |
ヒトゲノムにマップされなかった転写産物クラスタのデータセット (XML形式) | 3.0M | XML |
ヒトゲノムにマップされなかった転写産物のデータセット (フラットファイル形式) | 14M | Flat File |
ヒトゲノムにマップされなかった転写産物のデータセット (XML形式) | 15M | XML |
NOTES: ヒトゲノムにマッピングされなかった転写産物(HIT)と、そのクラスタ(HIX)の情報。 |
FTP Download |
H-InvDBのアノテーションデータダウンロードするためのFTPサイト ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/mirror_database/hinv/ |