H-InvDB x AHG DB
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H-InvDB_9.0 released on May 27, 2015.
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H-InvDB アノテーション・トピックス

fRNAdb: 機能性RNAデータベース(fRNAdb)とのID対応表 [ダウンロード]

定義: fRNAdb (http://www.ncrna.org/frnadb/) は、機能性RNAの統合データベースです。
fRNAdbのエントリーとH-InvDBの転写産物エントリー(HIT)の対応付けを、ヒトゲノム上の位置情報の重なりで判定したID対応表データを提供しています。

UM: ゲノムにマッピングされない転写物のアノテーション (UM転写物) [ダウンロード]

定義: ヒトのリファレンスゲノム配列に対して正常なマッピングを行うことができないヒトmRNA配列が数多く存在します。我々はこれらの転写配列に対してアノテーションを行い、それらをUMとなる原因によって分類しています。”リファレンスゲノムへのアラインメント”以外の証拠によるサポートを受け、配列未決定領域上に存在すると考えられる信頼性の高いUM遺伝子のセットを提供しています。その他、trans-splicing候補の探索や、ゲノム再編成の研究に役立つと考えられるキメラ転写物に関するアノテーション情報等も提供しています。

3つのサブトピックス:

  1. ”NCBI リファレンスゲノムへのアラインメント”以外の証拠によるサポートを受け、配列未決定領域上に存在すると考えられる信頼性の高いUM遺伝子のセット
  2. キメラ転写産物
  3. 部分的マップ転写産物

Subcellular: 細胞内局在予測アノテーション[ダウンロード]

定義: H-InvDBで行っている5種の細胞内局在予測アノテーションの解析結果ファイルを提供しています。
5種の細胞内局在予測アノテーション:

  1. SOSUI
  2. TMHMM
  3. TargetP
  4. PTS1
  5. WoLF PSORT

NEDO FL-cDNA PJ: NEDO完全長cDNAプロジェクトのアノテーション [ダウンロード]

定義: H-InvDB_6.0代表配列およびNEDO完全長cDNAの配列(rep. + NEDO-PJ)について行った詳細アノテーションデータを提供しています。  具体的には、類人猿ゲノムを用いた比較ゲノムマッピング解析およびコーディングポテンシャル判定、ESTおよびCAGEタグデータに基づいた遺伝子の転写頻度解析、ヒト個人ゲノムとの比較解析とORF予測の改良と機能アノテーションカテゴリーの再定義を行いました。

  1. アノテーションサマリー
  2. 進化的保存性に基づいたタンパク質コード遺伝子の判定
  3. ESTおよびCAGEタグデータに基づいた遺伝子の発現頻度解析